國立中興大學生命科學系在高美溼地水域偵測到Arcobacter菌種，因該菌株係人畜共通菌會造成腸胃炎與腹瀉，為避免民眾感染病菌，縣府農業處將在溼地豎立警告標示，並呼籲民眾避免進入灘地遊憩，如有進入之必要，需依該保護區公告管制事項申請許可，並於進入前確定手足無傷口，且勿在灘地內飲食，離去時儘速以肥皂及清水洗淨手足，以避免感染及確保個人清潔衛生。

臺中縣政府農業處指出，國立中興大學生命科學系長期在高美野生動物保護區進行高美溼地微生物相等監測，發現高美溼地具有豐富的菌相，且微生物群落具有完整與碳、氮、硫、鐵循環相關的微生物，高美溼地堪稱是生態系中微生物相生產力最高的區域。

但該學系分析2006年與2007年監測結果，發現2007年的太古生物相與細菌相的多樣化均遠低於2006年，尤其在細菌相的多樣化部分更是顯著的低，2007年的細菌相沒有測到2006年偵測到的纖維分解菌，但是人類及家畜類的共通病原菌Arcobacter卻成為大部分樣區的主要優勢病株。另外2007年樣區太古生物相也發現能將氨氧化為硝酸的NitrosopumilusSCM1遍佈且佔相當的優勢，是2006年高美溼地太古生物相所沒有的現象，研究人員懷疑可能是人為污染所造成的氮營養源不平衡。

臺中縣政府農業處表示，研究人員由2007年分析的微生物相顯示高美溼地可能遭受多重人為污染，尤其人類及家畜類的病原菌Arcobacter的優勢分佈，可能會造成腸胃炎與腹瀉，因此為避免遊客感染，該處將在保護區豎立警告標示牌，警告標示牌預計本週五完成，同時呼籲民眾避免進入灘地遊憩，如有進入之必要，需依該保護區公告管制事項申請許可，並於進入前確定手足無傷口，且勿在灘地內飲食，離去時儘速以肥皂及清水洗淨手足，以避免感染及確保個人清潔衛生。