有少許民眾接種H1N1新型流感疫苗有不適反應情形，大致上與季節性流感疫苗相似，並與國際間H1N1疫苗接種反應通報情形雷同。接種疫苗後的不適大多數為注射部位的紅、腫、熱、痛，通常都會在注射後不久恢復；也有一些是發燒、頭痛、疲倦及肌肉酸痛的症狀，但也會在注射疫苗後48小時內逐漸消除，至於過敏反應也有報告個案，但發生率都在期望值內。接種後之不良反應率為萬分之一，其中嚴重事件的發生則為疫苗接種數的百萬分之五。

青少年出現暈針狀況，主要是因為心理緊張，出現頭暈、噁心想吐等症狀，過一陣子就會自行恢復，除非症狀持續或有其他不適應症狀出現，請家長不必擔心。嘉義巿政府衛生局對於疫苗接種反應事件個案均密切監測，衛生局表示，接種疫苗所得效益遠高於不良反應之風險，權衡利弊得失，仍呼籲民眾安心接種疫苗，保護自己及家人健康。

衛生局指出，施打流感疫苗後，一般均需2至3週才能產生足夠抗體。因此施打疫苗後，仍應持續勤洗手、生病戴口罩速就醫、不上班不上學等防護措施，以保護自己及周遭家人朋友的健康。

H1N1疫苗接種時程，基於疫苗供貨順利，且接種作業均確立並進行順利，確定第十一順位的「50歲以上高風險族群」提前於12月7日開打，第十二順位的「健康成人」提前於12月12日開打。

校園接種時程的安排均已提前，由於各接種順位提前開打，對於校園接種所需疫苗數量，嘉義巿均已控留，不會受到其他順位提前開打的影響，請學校及家長放心。此外，自即日起，學生亦可由家長陪同下或自行帶家長同意書，持健保卡至全國合約院所接種，請家長及學生務必轉知學校已完成接種，以避免重複。