國立成功大學過去至今均是南部地區研究與教學首屈一指知名學府，有鑑學生人數與日遽增情形下，市府與校方長年共同努力於民國82年發佈「變更台南市主要計畫(部份鹽田用地為「文大5」大專院校學校用地）案」，劃設國立成功大學安南校區範圍，面積共計73.5公頃，預計分為四期並以生態發展觀點進行大學園區開發。

本校區中目前已完成水工試驗所及研究總中心，其陸續開發中，本次國立成功大學於99年4月1日提送「國立成功大學安南校區海洋生物及鯨豚研究中心」都市設計審議案，經本市第十屆第三次都市設計委員會審議通過，係為第三期開發區內規劃。

本案中心成立之目的主要為維護海洋生物與鯨豚永續經營之研究、教學與服務工作，推動並落實於保育研究及永續經營兩大目標，並將積極延攬世界海洋生物及鯨豚的頂尖研究人員，整合學術研究、行政作業及保育志工，匯集中央及地方政府的力量，點燃保育團體志工專業熱情，共創台灣海洋保育美好未來。

本案規劃設計上主建築物採兩層樓設計，配置於基地之東北側，藉以阻擋東北季風，中庭花園留設，於夏天時可藉由西南季風氣流引導，增加自然通風，頂樓則規劃有屋頂花園與眺望平台設計，改善地區微氣候系統，透過這次校舍新建，可賦與學園成為台南市「生態校區」的角色外，更希望能提升都市景觀，凝聚永續意識。