針對環保局長蕭裕正等四人被高雄高分院依「利用職務詐取財物罪」改判有罪，陳菊市長表示，基於尊重司法，她忍痛接受蕭裕正的辭呈，並改調非主管職務，但她認為這是一個有爭議的判決，所以支持蕭裕正以及三名基層事務官上訴，捍衛自己的清白。而蕭裕正則指出，該判決刻意忽略一審法官所調查對被告有利的證據，他相當遺憾。

陳菊市長指出，環保局長蕭裕正以及基層文官、職工等17人，一審全部獲判無罪，而二審判決卻出現如此大的差異，她認為是個有爭議的判決，並表示相當遺憾。不過，基於尊重司法，市長還是忍痛接受蕭裕正的辭呈，改調為非主管職務，但市長強調，她會支持蕭裕正以及三名被判有罪的基層文官繼續上訴，循司法體系捍衛自己的清白。

蕭裕正則指出，二審合議庭法官採信被告在羈押時，受到檢調壓力所做出的不實供詞（且審理時被告也坦承是為了拼交保）；針對這部分，一審時已經查清楚，他並沒有指示部屬利用加班費動員，他還提出通聯記錄證實起訴書的謬誤，但二審法官刻意忽略對他有利的證據，而採信「押人取供」下、且被告也已經翻供的證詞，顯然這個判決「針對性」很高，令他感到遺憾。