依據衛生署疾病管制局資料顯示，截至99年4月31日止台灣地區腸病毒感染併發重症病例計7例〈台北市、台北縣、宜蘭縣、桃園縣、雲林縣各1例，高雄縣2例），雖然台南市尚無通報腸病毒感染併發重症病例，但通報手足口病、泡疹性咽峽炎等輕症病例亦有290例，民眾仍不能掉以輕心。

腸病毒臨床上可以引起多種疾病，其中很多是無症狀，有些則只有發燒或類似一般感冒症狀，但有些則會出現特殊的臨床表現，如手足口病、泡疹性咽峽炎、無菌性腦膜炎、病毒性腦炎、肢體麻痺症候群、急性出血性結膜炎、嬰兒急性心肌炎及成人心包膜炎、流行性肌肋痛、急性淋巴結性咽炎、發燒合併皮疹等。

人類是腸病毒唯一的傳染來源，主要經由腸胃道（糞-口、水或食物污染）或呼吸道（飛沫、咳嗽或打噴嚏）傳染，亦可經由接觸病人皮膚水泡的液體而受到感染。在發病前數天，喉嚨部位與糞便就可發現病毒，此時即有傳染力，通常以發病後一週內傳染力最強；而患者可持續經由腸道釋出病毒，時間長達8到12週之久。

由於腸病毒型別很多，無法得過一次就終身免疫，而且目前並沒有疫苗可以預防（小兒麻痺除外），又可經口、飛沫及接觸等途徑傳染，控制不易，故民眾應注意下列預防方法：3歲以下小孩要特別小心，有較高比率得到腦炎、類小兒麻痺症候群或肺水腫。注意營養、均衡飲食、適當運動及充足睡眠，以增強個人之免疫力。正確且勤加洗手，注意個人衛生，以預防自身感染，及避免藉由接觸傳染給嬰幼兒。保持環境清潔及通風，注意環境衛生。避免出入過度擁擠之公共場所，不要與病患（家人或同學）接觸。如有疑似腸病毒感染症狀請儘速就醫。家中有病患時應小心處理病患之排泄物（糞便、口鼻分泌物），且處理完畢應立即洗手；多補充水分，學童儘量請假在家休息，對家中之第二個病患要特別小心，其所接受的病毒量往往較高，嚴重程度可能提高。如有持續發燒、嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力、肌抽躍（類似受到驚嚇的突發性全身肌肉收縮動作）、持續嘔吐與呼吸急促或心跳加快等需立刻就醫。