縣府工商發展處及地政處指出，縣府辦理竹南科學園區周邊地區特定區計畫，為使民眾充分了解計畫內容，共計舉辦3場公聽會、8場說明會、8場區段徵收座談會、3場協議價購會議及區段徵收說明會，若公共設施工程順利，預計年底辦理配地，配地前將會辦理扺價地分配作業說明會，除了園區事業專用區，其餘土地開放所有權人以抽籤方式自由選擇，由於計有98％地主申領扺價地，為避免延宕進度影響地主權益，請大家配合工程施工。

工商發展處指出，該案歷次公開展覽均依據「都市計畫法第19條」等法定程序辦理公告、登報、說明會，且上網發布訊息及刊登有線電視跑馬燈，該案主要計畫及細部計畫均已審定，目前依法辦理區段徵收工程，一切都依法辦理。

有關園區事業專用區由原來23公頃草案修正至28公頃部分，係依照科管局95年的指示「須由縣府先行覓得明確欲予進駐的科學工業廠商，以利依規定申請併入園區」執行，因在公展期間群創光電陳請擴大園區事業專用區面積，並提出5千億元的投資意願書，縣府併同各式民眾陳情意見，提送內政部審議，審議期間，縣府除針對各項陳情案件在內政部都委會中一一說明外，並另召開相關協調會議，同時將結論檢送內政部，最後始經審決，有關民眾陳情意見及維護地主權益方面，縣府已盡最大努力及展現最大誠意，盡可能審慎的辦理與說明。

地政處指出，園區公共工程若順利進行，估計年底可以辦理配地，在配地前，將會召開抵價地分配作業說明會，同時會以雙掛號方式將評定的權利價值及相關資料分別寄予地主，而且除了園區事業專用區外，其他土地開放所有權人以抽籤方式自由選擇，剩下的土地由縣府承受處理。

地政處並指出，有關縣府在竹南李科永紀念圖書館辦理的3場協議價購會議及區段徵收說明會，都以雙掛號方式通知地主，而且抵價地發還比例，曾經農地重劃地區46％，未辦理農地重劃地區41％，比其他縣市區段徵收案都優厚；為保障人民財產權，對於未提出合法建物證明，屬於程序違建部分者，從98年5月25日至6月30日皆予補照，計有20人通過補照，補償費計增加978萬7780元；在房租津貼方面，每戶每月發放8千元，補助1年6個月，縣內其他一般公共工程用地徵收案，並無補照及房租補助費。

縣府辦理的查估補償作業，依據「苗栗縣辦理公共工程建築改良物拆遷補償自治條例」及「苗栗縣辦理徵收土地農作改良物水產養殖物及畜禽查估補償自治條例」辦理，皆修正各項標的補償查估價格，更符合目前市場價格；在98年5月18日至7月2日地上物補償複估作業期間，只要民眾提出異議，皆全力配合民眾要求，從寬進行複估認定，受理的426件疑義處理及複估案件，其中395件經實地複估後，包括農作物、建築物、畜禽及附屬建物等補償費共提高5110萬6153元，符合縣府辦理查估作業從寬認定的原則，並落實縣府在97年8月26日內政部都市計畫委員會第689次會議所承諾事項。