縣府6月23日指出，竹南科學園區周邊地區特定區計畫的區段徵收範圍內土地，除了申請的抵價地外，其他的地價及土地改良物補償費，都已依規定發放或依規定提存保管完畢，並依法辦理土地所有權移轉登記為苗縣所有，6月9日清晨5時清除地上物作業，是為方便施工人車進出，不影響白天民眾、車輛通行和安全，並降低社會成本，以利進行公共設施工程，希望能按原定計畫期程，在年底分配抵價地，以保障大多數申請抵價地土地所有權人合法權益，在施工期間造成不便，請鄉親包容並配合。

縣府地政處並強調，區段徵收後可供建築的土地，除園區事業專用區外，其餘土地由申請抵價地的土地所有權人以公開抽籤方式自由優先選擇，剩餘的土地再由縣府依法辦理公開標售。

地政處進一步說明，在法令允許情況下，縣府亦以從優從寬方式補償相關土地所有權人，抵價地發還比例方面，曾經辦理農地重劃地區46％，未曾農地重劃地區41％，高於外縣市的分配比例，並同意程序違建補照，增加補償費978萬7780元，房租津貼每戶每月發放8千元，補助1年6個月。

在查估補償方面，依據「苗縣辦理公共工程建築改良物拆遷補償自治條例」及「苗縣辦理徵收土地農作改良物水產養殖物及畜禽查估補償自治條例」辦法，修正各項標的之補償查估價格，以更符合目前市場價格。複估作業亦從寬認定，包括農作物、建築物、畜禽等補償費共計提高5110萬6153元。對於地主反映對查估作業及相關權益的疑慮，縣府也由參議林茂景帶領專案小組逐一拜訪說明，解答相關疑問，在維護地主權益上展現最大誠意，並落實縣府97年8月26日在內政部都委會第689次會議中承諾的事項。