雲林考區99年國中基測試務委員會主委學校國立斗六高中表示，第二次基測全區設置4個考場，共有3,192位考生報名參加，考場分別為斗六高中、虎尾高中、西螺農工、北港高中。首日第一節英語科計有270人缺考，第二節自然科計有268人缺考，下午第三節國文科計有274人缺考（缺考主因為報考人多數已為免試及甄選申請入學錄取者）。

主委學校斗六高中李世峰校長表示，上午英語、自然兩科各有一件違規事項，分別為英語科虎尾高中考場一名考生電子手錶於9點鐘發出聲響、自然科北港高中考場一名考生於考試結束鐘聲響起續作答，經監試人員制止後停止作答。斗六高中有一名雲林國中考生因天氣過熱流鼻血，監試人員適時處理，保健人員準備冰袋應變得宜，不影響考生作答。第一天基測考試，本考區狀況大致良好。

7月11日上午有數學及社會兩考科，主委學校斗六高中表示，希望本考區各考場考生依考試規則作答，不要有違規或偶發事件發生。