屏東縣政府稅務局表示，房屋稅條例規定，供直接生產使用的房屋可減半課徵房屋稅，但前提是以「合法登記」的「自有工廠」為限，申請時必需檢附工廠登記證供稅捐機關查核，違章廠房因現行工廠管理輔導法規定，不得許可設立，無法取得工廠登記證，所以並不屬於合法登記的工廠，依法不得減半課徵；另於合法登記的廠房同一圍牆內自行新建無使用執照的違建廠房亦不適用。

稅務局指出，違章工廠或房屋繳納房屋稅，僅表示納稅義務的履行，並不表示無照違章建築的房屋，就能變成合法，稅務局籲請民眾如果房屋有增建、改建，應在建造完成之日起30日內向稅捐機關申請房屋稅籍有關事項及使用情形，以免發生漏稅而受罰。

稅務局說，未辦建物所有權登記之房屋於買賣、交換、贈與、分割移轉時，應由雙方當事人共同申報契稅，現行房屋所有權人移轉申報契稅，已無監證制度先行審核，且未辦保存登記房屋移轉，勿須至地政機關辦理產權變更登記，無法審視移轉內容是否為當事人意思表示。

此外，為避免產權發生糾紛，保障雙方當事人權益，未辦保存登記房屋移轉，應由雙方當事人至建物所在地鄉（鎮、市）公所辦理申報契稅。如當事人無法到場辦理時，亦可檢附賣方印鑑證明，委託代理人辦理申報。