針對99年8月16日媒體報導指稱，高雄花卉市場幾成蚊子館，高雄市政府經濟發展局提出澄清，高雄花卉市場現由高雄國際花卉公司正常營運且定期清潔維護，依據花卉公司統計花卉市場今(99)年上半年每月交易金額約達新台幣5000萬元，較去年同期每月交易金額3000萬元成長66%，並無沒落閒置情形；至於所稱「雜草叢生」，應是因雨季來臨，雜草生長較快，將要求花卉公司加強管理、除草。經發局為迎接亞太種子年會的到來，正積極進行相關籌備中。

市府經發局表示，媒體報導所攝的照片，係高雄花卉市場外圍，有關平時環境維護管理，除要求高雄國際花卉公司應妥善維護高雄花卉市場環境外，經發局更定期派員進行花卉市場外圍周邊除草及環境維護作業。

至於報導所稱「出入口雜草叢生」，經發局查證係最近適逢雨季，雜草生長較快，已要求花卉公司加強管理，加派人手、提高除草頻率，以維護花卉市場環境整潔。

經發局指出，高雄國際花卉公司為配合十月份舉辦亞太種子年會整體景觀，已發包辦理景觀改造工程，預定在花卉市場內設置「高雄花海地圖」，並於8月初先行噴灑除草劑，但發現因近期連日下雨，除草效果較差，並非沒有定期清潔維護。

「高雄花海地圖」工程已於16日開始整地作業，預定於9月份完成，除將帶給市民全新感受，規劃種植的花卉當中，將包含可兼具防治小黑蚊的蔓花生，可避免民眾遭到叮咬。另外，為迎接亞太種子年會的來臨，高雄花卉市場內部現已開始進行「休閒樂活生態池」等環境景觀塑造工程，以提升整體環境的品質。