針對六輕工安事件損害賠償，縣府25日上午召開公害糾紛專案賠償工作協調會，依照8月23日紓處會議結論，確定麥寮鄉賠償金額為3億5千萬元，台西鄉1億5千萬元，受損農漁牧業者請於9月15日前提出申報；之前在縣府麥寮聯合辦公處等之申報者，因該申報作業是以公害糾紛調處方式處理，目前改由六輕與受害鄉鎮協調，是以填報調處申請書辦理，內容有些不一致，故請受損農漁牧業者重行申報補附相關證件，並請受災農民要填寫農會帳號以利轉帳；不滿意紓處結果者，可依法逕向縣府公害糾紛調處委員會申請調處。

農業處表示，受理單位由台塑公司委託農會和漁會等單位辦理，補償對象（申請人），係指實際從事農、漁、牧生產之自然人，且於公告期間內以書面方式向受理單位提出申請，逾期不予受理，申請人如為土地所有權人，應檢附土地所有權狀或土地登記簿謄本或當期作農戶種稻及輪作、休耕申請書(同時具備三項者，由受理單位擇其一項)；申請人如非土地所有權人，應檢附委託經營契約書或租賃契約書或土地使用同意書（同時具備三項者，由受理單位擇其一項）。

災損項目補償標準為麥寮鄉：文蛤每公頃10萬5千元、魚蝦每公頃21萬元、農作每公頃4萬2千元；台西鄉：文蛤每公頃4萬5千元、魚蝦每公頃9萬元、牡蠣每公頃3萬7千5百元，農作每公頃１萬8千元。(總金額上限為麥寮3.5億元，台西1.5億元，若超過上限金額，單價則再調整)。

有關蚵申報至雲林區漁會辦理，農、漁、牧業台西鄉部份由台西鄉養殖權益促進會辦理，麥寮鄉部份農業及畜產損失至麥寮鄉農會申報，漁業損失至雲林區漁會申報，縣府農業處將函請村辦公室並透過廣播周知民眾，申報截止日期為9月15日止。