近年來臺南市農會?提升經營績效，降低逾放比，積極與「財團法人農業信用保證基金」配合，改善放款品質有成，榮獲本99年度行政院農業委員會舉辦之第4屆「農金獎」－「農業信用保證業務績效獎」之優等單位。

「農金獎」係行政院農業委員會為鼓勵基層農漁會提昇信用部經營績效，加速降低農漁會信用部逾放比率，特別辦理頒獎，以表揚各農漁會所作的努力，本（99）年為第4屆之農金獎獎項計有11項，除上屆原有的營運卓越獎、資產品質改善獎、創新服務形象獎、農金人才培育獎及專案農貸績效獎等5項；新增資產品質績優獎、重設信用部經營績效獎、漁會金融服務獎、農業金庫策略合作獎及農業信用保證業務績效獎等5項。

80年代臺南市農會受房地產持續下跌因素影響，放款品質欠佳，臺南市政府為保障存款人權益、改善其經營體質，94年9月邀同中央存款保險公司及全國農業金庫共同組成輔導小組，輔導其承作優質放款，對借戶信用良好，而擔保能力不足者，送請農業信用保證基金辦理保證，以提升資產品質。臺南市農會在輔導小組輔導後，放款品質已有大幅提升，經統計最近5年所新承作放款案件之逾放比率僅約0.5％，在金融業如此競爭下，尚能有此嘉績實屬難得，惟臺南市政府仍將嚴格把關，加強督促臺南市農會能繼續努力，以獲得其他獎項。