有關報載「流感肆虐比SARS嚴重」報導，疾管局解釋，「流感和ＳＡＲＳ傳染性不同，不能相提並論」。入冬以來流感來勢洶洶，據衛生署疾病管制局資料顯示，至上周四流感死亡人數已突破八十人，重症人數更一路飆升至一千五百多人。雲林縣今年流感重症通報數亦比往年同期高，2月1日起至2月21日止計通報31例，其中確定病例12人，排除16人，其餘3人尚研判中。

另縣轄某國小於2/17日通報1班有9位同學出現類流感症狀群聚，經衛生局所、學校及教育處協力作必要的疫情調查處理，並已知會行政院衛生署疾病管制局第四分局，經南區傳染病防治醫療網指揮官指示：因該班全班季節行流感疫苗施打率為70.8%，故暫不予預防投藥，加強監測未發病得兒童，尤其是未施打流感疫苗兒童，該班如有經醫師診斷有類流感症狀同學可使用公費克流感疫苗。該班於2/18日已停課，預計２/23復課。同時學校亦加強上呼吸道傳染疾病防治、勤洗手及戴口罩等衛生教育宣導。

雲林縣99年10月至今已接種流感疫苗11萬6376劑，截至2/21號止成人劑型疫苗尚有571劑，幼兒劑型尚有4,579劑。目前預防措施著重機構管理及咳嗽禮儀，衛生局函文縣府教育處加強國小學童個人衛生、播放「咳嗽禮節做的好傳染疾病會變少-咳嗽禮節」宣導短片，同時加強民眾平時應注意勤洗手等個人衛生，以及落實咳嗽掩口鼻等咳嗽禮節，發燒生病應戴口罩、速就醫，不上班不上課等宣導。另雲林縣配合疾管局於13家合約配置點擴大開放公費克流感使用條件延長至3月底，以減少重症。

依疾病管制局目前急診及門診類流感就診人次監測，疫情有逐漸降溫趨勢，預估到了二月底會明顯趨緩，三月恢復常態。