台東縣新港籍「龍漁發6號」漁船於100年8月4日經行政院海岸巡防署海岸巡防總局東部地區巡防局第八二岸巡大隊查獲涉嫌捕獲鯨鯊並予肢解，案經臺灣臺東地方法院檢察署裁定查扣之鯨鯊證物應予沒入銷毀，因此行政院農業委員會漁業署已經委託花蓮區漁會依「走私沒入漁產品處理作業程序」，預定於100年9月13日上午10時30分在本縣成功鎮辦理銷毀查扣之鯨鯊肉計386.96公斤。

臺東縣政府表示，行政院農業委員會已經於96年9月5日依漁業法第44條及第46條規定，全面禁止捕撈鯨鯊、持有鯨鯊肉、販售鯨鯊肉及其產製品，違反者依漁業法第60條第2項規定，處3年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣15萬元以下罰金。

臺東縣政府籲請縣籍漁友，凡有誤捕之鯨鯊不論存活或已死亡，應立即放回海中，切勿攜帶進港，以免受罰，誤捕鯨鯊時，應填報調查表後傳真送至行政院農業委員會漁業署及本府農業處漁業科，以建立鯨鯊生態資料。