雲林縣為農業大縣，縣內主要河川有濁水溪、北港溪、新虎尾溪等，歷年來縣內主要河川及三大排（八角亭、馬公厝、牛挑灣）受到沿岸畜牧廢水、工業廢水及民生污水等影響，除了濁水溪流域外，大都處於中度污染至嚴重污染程度。

由於河川長期受到污染，不僅妨害到河川水體的正常用途，對於生態環境更是常期的負面影響。為配合環保署河川整治計畫之目標，積極推動各項管制稽查及具體改善本縣河川污染情況，雲林縣環境保護局於本年度特規劃推動「100年度雲林縣流域水污染源稽查管制計畫」，藉由本計畫之執行，落實許可管理制度，以掌握本縣境內各污染源之污染狀況並稽查共計800家次(含採樣200家次)，積極查封非法排放及暗管共計20支，追查確認來源業者並加以告發取締，杜絕不法，舉辦3場次水污染防治宣導會及8場次處理設施功能評鑑，提升業者處理廢(污)水觀念，改善放流水水質，減輕河川水體之污染負荷，落實本縣境內各河川水體水質改善工作，提昇整體環境品質及河川親水之空間及成效，給予本縣全體縣民一個既乾淨又清澈之自然河川生態。