直轄市定古蹟興濟宮與大觀音亭因101年2月26日發生霧台6.4地震後，廟方進行日常的維護檢視工作，發見因地震造成興濟宮三川殿步口、樑柱、瓜筒龜裂及大觀音亭正殿側山牆之規帶泥塑脫落等現象恐對古蹟安全產生顧慮，廟方董事會於4月6日向文化資產管理處來通報。

文資管理處隨即於4月25日邀請臺南市古蹟歷史建築聚落及文化景觀審議委員曾國恩、張嘉祥兩位委員勘查後發現地震力在東西向造成之損傷情形較為明顯，尤其興濟宮三川殿棟架面的門神門框偏移，內門神門板無法正常關閉。另外南北向山牆受東西向地震力搖動後引起剪粘、彩繪剪斷脫落。

損壞的部分依嚴重程度，勘查委員提出修復建議。其中有關古蹟大木作及山牆壁體彩繪、剪粘、泥塑修護，牽涉安全及複雜性，建議廟方聘任列冊專業技師、列冊建築師及專業匠師先進行檢視廟內所有木結構部份、補強及泥塑等提出維護計畫。

另外與結構安全無關的白灰牆修補粉刷及髒汙清潔處理，委員建議廟方可立即處理，以維持外觀之整潔，委員現身說法並親自示範白灰壁擦拭清污的作業，令廟方大開眼界。

直轄市定古蹟興濟宮與大觀音亭修復工程於94年9月30日完工至今廟方董事會全體對於古蹟保存不遺餘力，唐瑞明董事長近來積極引入年輕新血投入古蹟、文物、保生大帝及宗教民俗之保存與傳承，讓台南興濟宮成為全臺保生大帝信仰之模範廟宇。勘察委員肯定廟方照顧古蹟之用心及成果，認為值得所有古蹟所有人觀摩學習。