近年來隨著高雄都市快速發展及工商業興盛所帶來之環境污染，嚴重影響市民生活品質，其中未經適當處理之家庭污水及事業廢水，直接或間接排入愛河，破壞環境衛生及市容觀瞻，進而阻礙全市發展。為此，自民國66年起市府開始整治愛河流域，並在愛河兩岸積極推動污水下水道建設，隨著用戶接管普及率上升，愛河水質已獲得重大改善，配合兩岸綠化，愛河已成為高雄市著名觀光景點。

水利局表示，愛河上游源自高市仁武區，由於污水下水道建設之推動係以「人口密集處優先」及「水源水質保護區優先」為原則，因此該區目前雖已完成規劃，至今尚未進入實質設計施工階段，是以仁武區家戶污水、農業回歸水及零星工廠廢水分別經由九番埤、北屋排水及檨仔林埤流入愛河，致使愛河水質未能再進一步提升。

為使愛河水質更佳，經市府積極爭取並獲得行政院環保署的補助2042萬元辦理愛河水質改善工程，目前已進入設計階段，預計採用現地礫間處理及人工濕地工法，改善九番埤、北屋排水及檨仔林埤水質，再將已淨化水質注入愛河，以提供愛河乾淨水源，具體改善愛河水質，相關工程預計103年完工，屆時愛河水質可再提升，愛河流域將更加亮麗宜人。