針對雲林高鐵站終於將在年底動工，李應元向行政院質詢時表示，這個車站已經遲來了好幾年，未來通車後，必須設直達車，讓大家都能快捷舒適的到雲林，享受雲林的好山、好水、好特產。

對於交通部宣布雲林設站消息時，提到未來台北到高雄行駛時間將增加30分鐘，李應元不解地說，交通部未免太死腦筋了。未來台北到雲林應設直達車，可跳過桃園、苗栗、彰化等站，以加快行車速度與民眾搭乘的意願。他絕對不會讓高鐵站站停，高鐵變成慢鐵。

至於地層下陷問題，要求不管是車站，或是連外道路，都應改用輕質建材，減輕土木工程的重量。此外也將督促湖山水庫加速工程進度，盡可能提前完工供水，減少對地下水的依賴。

此外李應元也將要求工業用水必須進行回收再利用，農委會必須改善灌溉溝渠等設施，以提升水的使用效率，並輔導農民種植較耐旱的作物。在不影響農民權益的情形下，以多元的管道節約用水，成功的對抗地層下陷。