內政部營建署於民國94年完成五明污水處理廠興建工程，以處理旗山及美濃都市計畫區內生活污水，卻逢海棠颱風造成廠區地下室淹水、接連又因97年卡玫基及98年莫拉克風災，造成旗山溪旗尾堤防潰堤使廠區淹水，設備嚴重受損廠內泥砂淤積高達1.5公尺，積水深度近2.5公尺，致使廠區設施毀壞無法運轉。

為加速旗美地區污水下水道系統建設，工務局於99年接手本廠整建工程，因位處地勢低漥區，特針對廠區擬訂防洪策略預估改建後廠區可於100年重現期不淹水，200年重現期僅污水處理功能暫停運作，待雨停止後只需清理廠內環境，不致發生如以往設備毀損而無法運轉的情形。

旗美污水廠改善整建工程已於101年9月6日完成發包作業，目前正進行廠內結構物敲除、機電設備拆除等作業，預計污水廠將於103年完工正式投入營運。

目前工程即積極執行中，已完成部分基地敲除作業，相信在水利局努力推動旗美地區污水下水道建設下，將可減少家庭污水流入高屏溪，持續有效改善高屏溪水質，未來配合高屏溪流域整體治理計畫，整合高屏溪流域各項治理工作，旗美地區市民居住環境及生活品質將可大幅提昇，更能達成河川永續經營之目標。