台南市政府財政困窘引發關切，不但歲出可能捉襟見肘，連歲入編列也可能無法達成預期，台南市議員邱莉莉發現，根據她對五都去年地方稅課執行率佔全年預算數的比較分析發現，台南市的地方稅捐累計實徵淨額佔全年預算數比率僅87.4%，排名五都之末，甚至比前年的89%還要差，顯見台南市總預算的歲入有浮編情況，財政單位有逃避監督、矇騙人民之責。

邱莉莉指出，據她對五都所做一百零一年度地方稅稅捐實徵淨額比較，新北市的情況最理想，稅課收入477億足足比預算數466億多出11億，預算執行率為102.23%，其次分別為台北市的102%、高雄市99%、台中市92.4%，台南市僅為87.4%，在五都敬陪末座，且較一百年度的89%還退步，但稅務局在施政報告中「跳過讓過」未提及執行率退步的事實，很明顯有意透過文字遊戲隱瞞當初稅課歲入預算浮編的手法。

邱莉莉指出，台南市一百零一年度總預算編列地方稅課收入212億9,125萬元，稅捐實徵淨額僅為186億元，但地方稅課執行率不佳，並非向市民課徵的稅收減少，據稅務局的資料顯示，去年已比一百年度的稅捐實徵淨額180億元增加6億元，其中光土地增值稅就增加4億5千多萬，其他包括房屋稅、印花稅、使用牌照稅、教育捐都呈現增加情形，她認為對市民的課賦從去年比前年已增3.2%，但地方稅收執行率帳面上卻是退步、且居五都之末，歲入浮編已至為明顯，財主單位有刻意欺瞞之意。

另外邱莉莉也表示，縣市合併升格後因累進起點地價調整，致使原台南市六個行政區今年開始繳交的地價稅將可能因適用稅率提高而增加。稅務局估計今年台南市因此將增加超過三億元的地價稅稅收，且粗估地價稅增加100元以上者約有11萬7000件，平均每件增加4800元；增加100元以下約有25萬件，平均每件增加30元，也就是說這超過三億元、36萬件以上的地價稅收多數是由原台南市民的血汗錢支付，這違反租稅課徵的社會公平原則，稅務局當初允諾會將相關影響轉知中央部會研擬修法，應主動向市民說明反映過程，要「以民為念」看緊市民荷包。