安平漁港漁船業者反映港區水域及航道被蚵架佔用，造成危害安全及妨礙船舶航行行為，漁船進出港經常險象環生，強烈要求漁港主管機關及海岸巡防機關應確實依漁港法第十八條規定採取適當措施制止，以確保漁船業者權益。

監察委員於102年3月4日巡察安平漁港，亦指示主管機關應依相關規定處理港內蚵棚養殖問題。

臺南市政府農業局漁港及近海管理所表示，安平漁港主管機關為行政院農業委員會，委託該所負責管理，農委會漁業署指示該所本於代管機關權責應依漁港法規定辦理，該所業於102年2月1日及3月29日兩次公告安平漁港內水域蚵棚清除，並請漁會、里辦公室、區公所、漁業署及海巡署所屬單位加強宣導。該所再度呼籲蚵農自行清除，否則將依廢棄物清除。

日前安平漁港主管機關行政院農業委員會漁業署會同臺南市政府農業局、警察局及海巡署各相關單位研商整頓安平漁港蚵架拆除會議，並決定四月16日起展開強制拖吊作業，並對於有主物將依漁港法送辦並追討相關拖吊費用。