針對中國大陸H7N9流感疫情，國內自4月3日傍晚起，即進入緊鑼密鼓的防疫準備，成立中央疫情指揮中心。加強邊境檢疫，對疫區回國的發燒與咳嗽的旅客，隔離與送檢。衛生署指定台南醫院為23家傳染病防治醫療網應變醫院之一，負責台南市傳染病防治收治及應變。

衛生署台南醫院與成大醫院合作經營，不只在醫療人員獲得成大醫院全力支援，在醫院醫療器材、設備、檢驗或是藥物方面，都得到大幅的品質提升，希望能提供台南地區民眾高水準的醫療服務。在防疫線上，更是作好台南市傳染病防治醫療網應變醫院。衛生署台南醫院李伯璋院長表示：『不管是在平時或是防疫時，衛生署台南醫院都會以精湛醫術、醫學中心的品質守護台南市民一輩子的健康』。身為台南地區應變醫院，萬一台南地區發生大規模的疫情，會配合疫情指揮中心的徵調，衛生署台南醫院會立刻啟動醫院清空計畫，將一般病患轉至其他後送醫院收治後，專責感染病患。

為評估緊急疫情處理應變能力，台南市政府衛生局、疾病管制局與衛生署台南醫院在4月24日(星期三)舉辦醫院清空演練計畫，由賴清德市長、衛生局林聖哲局長、衛生署台南醫院李伯璋院長親自坐鎮指揮。演練的內容包括由急診到隔離病房的病患收治動線，啟動醫院清空計畫時醫療行政各個部門的因應流程，以落實防疫作業。

針對個人防疫方面，衛生署台南醫院感染管制室洪元斌主任呼籲：民眾前往中國大陸應落實洗手等個人衛生措施，以避免被感染。避免接觸禽鳥類，食用雞、鴨、鵝（含蛋類）時，需注意完全熟食。民眾旅遊時如果發生類流感症狀，例如發燒、咳嗽、全身痠痛等，入境時一定要通報航空公司或檢疫人員，以接受必要的隔離與檢查。輕症病患，經過醫師檢查後則可以回家自主隔離，不過若是醫師判斷為重症病患，則需要住院治療。

大陸禽流感疫情升溫(4/23截止確認病例有108例、死亡個案22例)，目前台灣雖是零確認病例，衛生署台南醫院身為台南地區應變醫院不敢鬆懈，隨時監控疫情、配合衛生署及衛生局積極規畫防疫計畫及演練，才能在疫情發生時，充分發揮應變能力。