因應國內出現H7N9首個病例，台南市政府24日宣布，正式成立H7N9流行疫情指揮中心，由市長賴清德擔任召集人，他也責成醫療院所加強醫療警戒，密切注意最新疫情狀況。而衛生署指定作為23家傳染病防治醫療應變醫院之一的署立台南醫院，24日下午也針對H7N9流感疫情啟動演習之桌上演練，包括疾管局、南區醫療網等都到場參與。市長賴清德要求衛生局適當時候邀請成醫及奇美等醫院演練作為，也籲請各市民對於H7N9流感疫情莫過於恐慌。

賴市長說，以大台南而言，市府農業局近兩三年來，已針對家禽類，做過幾千次的檢體，都沒發現任何H7N9蹤影，且H7N9不等於SARS，入境檢疫把關也已展開，賴市長籲請市民，一旦發現有任何病情異狀，請據實以告，相信在大家同心協力之下，應變H7N9沒有問題。

針對中國大陸H7N9流感疫情，國內自4月3日傍晚起，即進入緊鑼密鼓防疫準備，又衛生署指定台南醫院為23家傳染病防治醫療網應變醫院之一，負責台南市傳染病防治收治及應變，為評估緊急疫情處理應變能力，台南市政府衛生局、疾病管制局及衛生署台南醫院在下午2點舉辦醫院清空演練計畫，由賴市長、副市長顏純左、署南醫院長李伯璋親坐鎮指揮。疾管局第4分局長鄭萬金、南區醫療網副指揮官柯文謙、成大醫院感染控制室主任劉清泉等蒞臨指導，對其演練過程之動線規劃，防護等級，以及一旦發生重症患者如何因應提出看法及建議。

賴市長肯定署南醫院的演練，因為在其過程中，不管是李院長的直線聯繫或是南區醫療網的橫向連接，都分別做好處理，唯動線規劃，需再完善設定。賴市長也關心與會專家提及針對重症患者加護病房之緊急應變，當場指示衛生局爭取疾管局將署南醫現有22間負壓隔離病房，增列2間負壓隔離加護病房之設備，同時，不排除在適當時候及必要時，邀請成大醫院、奇美醫院進行演練。

賴市長進一步表示，這次H7N9流感疫情，請大家不必恐慌但不可大意，有各數據讓大家參考，就整個大台南地區而言，近兩三年來，市府農業局，在台南境內的鳥、雞、鴨等家禽類，做了幾千次檢體的檢驗，都沒發現H7N9。賴市長強調H7N9不等於SARS，SARS可以直接人傳人，H7N9是有限度的人傳人，市府在防疫方面已展開，對於入境來自有疫情地區的觀光客，包括機場等處，做好檢疫的工作，且目前衛生局也跟各診所開會過，也有一套標準作業流程，所以經由今天署立台南醫院的演練，與大家寶貴的意見，對於日後防治將是一大助益。最後，賴市長以SARS為例呼籲市民，一旦發現有異狀，應該據實以告，如果病人能夠了解H7N9不是像SARS嚴重，只要能夠據實以告，讓醫師有辦法因應，他相信以台南市大家同心協力，跟南市醫療水準、醫療資源等，應變H7N9流感疫情，應該是沒有問題的。

衛生局長林聖哲指出，防疫如同作戰，不管是人力、藥品，台南市政府已經都儲備好了，尤其是克流感部份，有1萬5千人次，另瑞樂沙部份是1640人次，隨時可調撥使用。另外他也提醒民眾，前往中國大陸應落實洗手等個人衛生措施，避免被感染。在個人防疫方面，避免接觸禽鳥類，食用雞鴨鵝（含蛋類）時，需注意完全熟食，民眾旅遊時如果發生類流感症狀，例如發燒、咳嗽、全身酸痛等，入境時一定要通報航空公司或檢疫人員，以接受必要的隔離與檢查。